中国化学会第32届学术年会
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病毒中金属结合位点的验证和注释
张慧慧 郑何平*

分会

第三十二分会:化学生物学

摘要

金属离子在病毒的生命周期中扮演着不可或缺的角色,它们不仅在维持病毒结构的稳定性方面具有重要作用,而且与病毒感染宿主的致病性机制有关,例如相关蛋白的催化和激活,病毒逆转录和RNA的成熟。从蛋白质数据库(PDB)的含病毒的蛋白结构中经常会观察到锌,钙,镁和锰这四种金属离子。然而,在这些蛋白结构中,普遍存在金属结合环境的次优建模甚至对金属离子的不正确表征。因此,我们开发了一种新算法对病毒结构中的金属结合位点进行了系统地验证,建立了病毒结构中高质量金属结合位点的基准数据集。我们还对病毒中的金属结合位点进行了系统的结构预测和注释。每个金属结合位点的注释内容包括该位点的配位模式,永久性的还是临时的,结构性还是催化性的。我们的数据集提供了可靠的资源,为进一步研究病毒中金属依赖的发病机理,以及针对此类病毒感染的治疗药物的开发提供了结构基础。

关键词

金属结合位点;注释;结构预测;数据集

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