中国化学会第32届学术年会
重要日期
注册参加会议 登录会议管理
线上墙报
开发中国人自己的分子模拟软件
舒子睿 张浩淼 廖俊 陈长军*

分会

第三十九分会:生物物理化学

摘要

分子模拟软件是研究生物大分子动力学行为的重要工具,目前应用广泛的分子模拟软件包括:AMBER(美国加州大学),CHARMM(美国哈佛大学),NAMD(美国伊利诺伊大学),GROMACS(瑞典皇家理工学院等联合开发),ACEMD(英国帝国理工学院等联合开发)和PLUMD(法国巴斯德研究所等联合开发)。这些软件都有着丰富的功能,可以完成分子建模到模拟等一系列工作。而国内分子模拟软件极为匮乏,这与中国巨大的应用需求是极不相称的。我们致力于开发一款开源,可GPU加速,功能完整的生物大分子模拟软件,具体包含分子动力学,GPU加速,高级采样,轨道分析,马尔科夫网络分析和自由能计算等六大功能模块。软件支持传统的自适应采样方法和我们最近提出的混合副本采样方法。开展该项目工作有三个重大意义。首先,我们可以减少长期以来形成的对国外软件的严重依赖,避免潜在的软件禁用风险,进一步提高科研自主性。其次,开发国产分子模拟软件方便国内科研人员交流协作,发展更多原创算法。最后,依靠自行发展的采样方法和模拟软件,我们能够获得可靠的采样数据,为深入研究生物大分子的结构-功能关系提供有力保障。

关键词

分子动力学模拟;GPU加速;自由能计算;增强采样方法;马尔科夫模型

线上墙报仅限年会已缴费参会代表观看。

您还没有登录,请您先 点击这里登录