吴云东

男， 北京大学深圳研究生院，中国科学院院士

专业领域

有机化学

学习/工作经历

2019.03-2023.03，深圳湾实验室常务副主任
2016.03-2019.03，北京大学深圳研究生院，院长
2010.09-至今, 北京大学深圳研究生院, 讲座教授
2007.07-2010.09, 香港科技大学化学系，讲座教授
1992.07-2007.06, 香港科技大学化学系，助理教授、副教授、教授
1988.06-1992.06, 加州大学洛杉矶分校(UCLA)化学系，高级研究员
1988.01-1988.05, 德国埃朗根大学（University of Erlangen- Nürnberg），访问学者
1987.01-1987.12,加州大学洛杉矶分校(UCLA)化学系，博士后
1982.08-1986.12, 美国匹兹堡大学（University of Pittsburgh），理论有机化学专业，博士
1978.02-1982.01, 兰州大学，物理化学专业，学士

学术成就和学术贡献简述

主要从事理论与计算有机化学的研究,主要研究领域为：有机化学反应的机理;分子力场发展;多肽及蛋白质的二级和三级结构;以及基于蛋白-蛋白相互作用的药物设计。 早期与Houk教授提出亲核加成立体选择性的Houk-Wu模型；在金属催化领域，解决了长期争论的Sharpless环氧化反应的机理；在脯氨酰胺催化的不对称Aldol反应方面，与合作者提出Gong-Wu模型；提出oxa-多肽概念，并设计合成出多种结构的oxa-多肽；率先开展了对β-多肽二级结构的理论研究。 近10年在以下方面取得了突破性的成果：（1）苯环间位C-H键活化是极具挑战的课题。针对近期发现的一些新反应，吴小组通过一系列理论和实验研究，率先提出若干个新型催化机理模型，这些模型预测被后来实验验证，并为后续的催化剂设计提供了强有力的理论基础。（2）炔烃硅氢官能团化反应是乙烯基硅烷制备最有效的方法，吴小组与Trost合作提出一个全新的Wu-Trost模型，并预测该催化体系可以推广到其它多个反应，与孙建伟教授的合作，证实并深入发展了这些反应体系。（3）吴小组通过建立了卷曲库并进行统计分析，发展了若干分子力场。这些力场发展使得天然态结构模拟中固有构象偏好得到了准确描述，解决了多肽模拟上一大挑战。

化学公益贡献简述

自1999年起担任世界理论与计算化学家协会理事会(WATOC)理事，亦是亚太理论与计算化学家协会的共同发起人之一，现任亚太理论与计算化学家协会主席。担任多个国际和国内著名专业学术刊物的顾问编委或编委，包括：Acc. Chem. Res., J. Comput. Chem., J. Phys. Chem., Nat. Sci. Rev.等。迄今已在国际学术刊物上发表SCI论文240余篇，其中Science （1 篇）， PNAS（1 篇）， Acc. Chem. Res.（4 篇），J. Am. Chem. Soc.（67篇），Angew. Chem. Int. Ed.（14 篇），论文总引用12700余次，H-index＝60。在国际计算化学领域有着很高的影响力。
吴云东教授长期奋战在物理有机化学领域的前沿阵地，在高质量产出原创工作的同时，注重学科发展的方向培育，通过重新组织全国物理有机化学会议的等形式，聚集了学科中坚力量和新生力量，共同推进学科建设。针对学科发展的前沿进行了梳理和讨论，对学科发展的卡脖子问题，例如缺乏通用计算化学软件等，也进行了多方的呼吁和努力。
吴云东教授是公认的国际理论与计算化学权威之一，是国内该领域的领军人物。自于1999 年被选为世界理论与计算化学家协会理事会理事，2012年当选亚太理论与计算化学家协会副主席，2019年任主席，是该协会首位华人主席。几十年来，吴云东教授一直作为国际国内学界的桥梁和纽带，通过人才引进，举办国际学术会议，邀请海外教授访问等等方式，为推动我国理论与计算化学的发展和促进我国学者与国际同行的交流合作发挥了积极作用。他同时担任多个国际和国内著名专业学术刊物的顾问编委，编委或副主编。
在中国物理有机化学年会停办十多年后，于2011年在深圳重新举办第九届中国物理有机化学学术会议，目前成为每两年一次的例会，并启动中国化学会物理有机化学专业委员会，现任中国化学会物理有机化学专业委员会主席。

代表性成果

1.论文：作者（按原排序），题目，期刊名称，卷（期）（年），起止页码；
1）Zhang, C., Sung, H.H., Williams, I.D., Wu, Y.-D.* and Sun, J.* “Ruthenium-Catalyzed Intermolecular [2+2] Cycloaddition of Unactivated Allenes and Alkynes with Unusual Regioselectivity”, J. Am. Chem. Soc. 2025, 147, 33350–33358.
2）Chen, K.-W., Wang, C.Z., Huang, H.S., Wu, X., Chen, J.N., Qiu, J.H., Hoi, K.K., Sun, T.-Y., Wang, J.-B.* and Wu, Y.-D.* “Converting Dimeric Enzymes into Efficient Monomeric Catalysts using AI-assisted Models”, CCS Chemistry, 2025, Just Published, DOI:10.31635/ccschem.025.202505534
3）Chang, Q., Li, Q., Deng, Y.H., Sun, T.-Y.*, Wu, Y.-D.* and Wang, L.* “Nickel catalyzed C-N coupling of haloarenes with B2N4 reagents”, Nat Commun, 2025, 16, 3202.
4）Wang, H., Song, L., Huang, J., Wu, F., Yang, Z., Liu, Y.*, Wu, Y.-D.* and Feng, X.* “Regiodivergent and Enantioselective Allylic C− H Alkylation of Allyl Ethers: Optimization, Scope, Mechanism and Application”, Angewandte Chemie, 2025, 137, e202500125.
5）Zeng, Q., Chen, J.N., Dai, B., Jiang, F.* and Wu, Y.-D.* “CPconf_score: A Deep Learning Free Energy Function Trained Using Molecular Dynamics Data for Cyclic Peptides”, J. Chem. Theory Comput. 2025, 21, 991–1000.
6）Dang, Q.D., Deng, Y.H., Sun, T.-Y., Zhang, Y., Li, J., Zhang, X., Wu, Y.-D.* and Niu, D.* “Catalytic glycosylation for minimally protected donors and acceptors”, Nature, 2024, 632, 313–319.
7）Chen, K.-W., Chen, J.-N., Zhang, J., Wang, C., Sun, T.-Y.* and Wu, Y.-D.* “Understanding the cooperative effects in the catalysis of homodimeric fluoroacetate dehalogenase”, Sci. China Chem. 2024, 67, 2382–2391.
8）Chen, J.N., Dai, B. and Wu, Y.-D.* “Probability Density Reweighting of High-Temperature Molecular Dynamics”, J. Chem. Theory Comput. 2024, 20, 4977–4985.
9）Zou, J.L., Chen, K.X., Wang, X.J., Lu, Z.C., Wu, X.-H.* and Wu, Y.-D.* “Structure-Based Rational and General Strategy for Stabilizing Single-Chain T-Cell Receptors to Enhance Affinity”, J. Med. Chem. 2024, 67, 7635–7646.
10）Chen, K.-W., Sun, T.-Y. and Wu, Y.-D.* “New Insights into the Cooperativity and Dynamics of Dimeric Enzymes”, Chem. Rev. 2023, 123, 9940-9981.

2.专利：申报人(按原排序)；专利名称；申请年份、申请号；批准年份、专利号；
1）计算机软件著作权登记证书
1）北大深研院WD40蛋；白预测和查询平[简称： WDSPdb]V1.0；2016；2016SR317035；20161103
2）北大深研院基于Django的WD40蛋白检索平台：[简称：WDSPdb]V1.01；2019；2019SR0256032；20190318
3）北大深研院WD40重复蛋白预测软件[简称：WDSP] V1.0；2016；2016SR079188；20160418
4）蛋白质固有无序区域非同义变异疾病相关性预测软件[简称：IDRutPred]V1.0；2019；2019SR1436480；20191226
5）人类蛋白中氨基酸替换的疾病相关性预测软件[简称：AAS3D-RF]V1.0；2020；2020SR1155060；20200924
4）发明专利
授权专利
1）姜和眀，张欣豪，孙天宇，钟秀梅，，吴云东；一种2 碘酰基苯甲酸溶液及其制备方法和应用；2017；
ZL201710805338.8 ;授权日期：20200324
2）姜和明，张欣豪，吴云东；一种化学反应的高通量筛选系统、装置和方法;2018； ZL201810483322.4; 授权日期：20210903
3）姜和眀，张欣豪，刘庭俊，陈颖，黄美蓉，刘子叶，吴云东；一种适用于流动化学的光源装置及其光源系统；2021；ZL202110586969.1; 授权日期：20211228
4）刘庭俊，张欣豪，姜和明，陈颖，黄美蓉，吴云东；一种液体样品输送系统；2023；2023203218328； 20231205
5）蒲茂坪，杨敬垒，吴云东，丁树元；一种合成α-三芳基胺的方法；2023； 2023100634453；授权日期：20230523；
6）刘紫琳，胡景皓，蒋帆，吴云东；含二硫键多肽的结构预测方法及装置；2020；2020106062331；授权日期：20230620
申请专利
1） 康微，蒋帆，吴云东；基于CMAP势函数的耦合二面角参数优化方法及蛋白质力场；2020,；202010599142X
2） 陈颖，张欣豪，姜和明，黄美蓉，吴云东；一种腈类化合物合成酰胺化合物的方法和系统；2023；202310209332X
3） 姜和明，张欣豪，黄美蓉，陈颖，刘庭俊，吴云东；一种点样方法及装置；2023；2023102154817

3.著作：作者（按原排序），著作名称，出版社，出版年份，出版地；
1） 古练权、汪波、黄志纾、吴云东.“十一五”国家级规划教材《有机化学》, 2008年11月高等教育出版社. 本书被评为2009年度普通高等教育精品教材.
2.）Olaf Wiest, Yun-Dong Wu. Computational Organometallic Chemistry. Springer. 2012. ISBN: 978-3-642-25257-0.
3）张欣豪,吴云东.“有机合成反应和计算化学---不对称催化反应机理的理论研究”, <<现代有机合成化学进展>>, pp391-413, 吴毓林, 麻生明,戴立信主编, 化学工业出版社, 北京, 2005年7月. ISBN: 750257204X
4）杨丹，陈传峰，吴云东 “生物分子识别与作用模拟：多肽及其类似物”, <<化学生物学进展>>，张礼和，王梅祥主编, 化学工业出版社, 北京, 2005年7月. ISBN:9787502573003.
5）Yun-Dong Wu, Lung Wa Chung, and Xin-Hao Zhang. Hydrosilylation Reactions Discovered in the Last Decade: Combined Experimental and Computational Studies on the New Mechanisms, in Computational Modeling for Homogeneous and Enzymatic Catalysis, Jamal Musaev and Keji Morokuma Eds. Wiley-VCH, 2007. ISBN:978-3-527-31843-8

代表性奖励荣誉情况

1.Wong Kuen Shing Education Foundation Exchange Scholar Award, 1998.06
王宽城交流学者奖
2.National Natural Science Award of China, 1999.
项目名称：计算机在有机化学中的应用
国家自然科学奖 四等奖
3.Croucher Senior Research Fellowship Award (Croucher Award), 2000
香港裘槎奖
4.Thomson-Reuters Research Fronts Award, 2008.
中国卓越研究奖
Novel Small Organic Molecules for a Highly Enantioselective Direct Aldol Reaction
5.2009 School of Science Teaching Award, HKUST.
香港科技大学理学院优秀教育奖
6.Anhui Province Science Award of China, 2012.
安徽省科学技术奖 一等奖
项目名称：手性金属/有机小分子及其联合不对称催化
完成人：龚流柱、蒋耀忠、吴云东、宓爱巧、唐卓
7.National Natural Science Award of China, 2013.
国家自然科学奖 二等奖
项目名称：有机小分子和金属不对称催化体系及其协同效应研究
完成人：龚流柱、蒋耀忠、吴云东、宓爱巧、唐卓
8.Fukui Medal, The Asia-Pacific Association of Theoretical & Computational Chemists (APATCC) 2014.
亚太理论与计算化学家协会福井奖章
9.Achievement Award for Physical Organic Chemistry, The Chinese Chemical Society, 2015. 中国化学会物理有机化学成就奖
10.Alexander-von-Humboldt Research Award, Alexander-von-Humboldt Foundation, 2016.
洪堡研究奖
11.The 2018 Distinguished Alumni Award, University of Pittsburgh, 2018.
美国匹兹堡大学杰出校友奖
12.深圳中国科学院院士活动基地杰出服务奖

*以上信息由会士个人更新和维护。