李文金

男， 深圳大学， 教授/研究员/教授级高工或同等级别

学习/工作经历

2000.09-2004.06 浙江大学 生物工程 大学本科毕业 工学学士学位
2004.08-2005.11 宁波丽阳化纤有限公司 纺丝车间 技术员
2007.09-2009.08 中国科学院上海生命科学研究院 计算生物学 无 无学位
2009.09-2012.07 中国科学院上海生命科学研究院 计算生物学 博士研究生毕业 理学博士学位
2010.09-2011.12 德国马普生物物理化学研究所 理论和计算生物物理组 访问博士生
2012.07-2013.02 海德堡理论研究所 分子生物力学组 博士后
2013.03-2016.12 伊利诺伊大学芝加哥校区 生物工程系 博士后
2017.03-2017.06 中国科学院大连化学物理研究所 分子反应动力学国家重点实验室 助理研究员
2017.09- 2024.02 深圳大学 高等研究院 助理教授（研究员）
2024.03-至今 深圳大学 高等研究院 长聘副教授（研究员）

研究领域和兴趣

计算生物物理化学 / 生物大分子模拟和计算机辅助药物发现

主要业绩

李文金博士自2007年起主要从事生物大分子相关的理论计算方法发展和应用研究工作，先后在德国马普生物物理化学研究所、海德堡理论研究所和美国伊利诺伊大学芝加哥分校完成了多项有关生物大分子系统的理论研究方法发展和应用基础研究工作，这些工作获得国际同行的频繁引用。2017年回国以研究员身份独立开展工作以来，不仅发展了本人前期开发的沿反应坐标的能量分解分析方法，提出了通量最大化的反应坐标优化方法，还在蛋白-小分子配体和蛋白-DNA等系统的全原子模拟和机理解析方面都有不错的工作积累。目前以第一作者和/或通讯作者在JACS、JCTC、PCCP、JCP、CBM和IJMS等国际期刊上发表文章50余篇，并就速率计算和自由能估算等在Springer或Elsevier上合著专著章节四章。主持（过）国家自然科学基金面上项目一项、广东省面上项目两项和深圳市项目两项。获深圳市海外高层次C类人才。指导(过)博士后8名和研究生9名。

代表成果

1. 论文：Li W, Gräter F, Atomistic Evidence of How Force Dynamically Regulates Thiol/Disulfide Exchange, Journal of the American Chemical Society, 132 (47) (2010), https://doi.org/10.1021/ja104763q；
2. 重要学术会议邀请报告：李文金，基于过渡路径系综的反应坐标鉴定和自由能分解，2024，中国化学会第八届全国生物物理化学大会、大连；
3. 项目：主持，李文金，国家自然科学基金面上项目（31770777），58万，2018.01-2021.12；
4. 论文：Li W, Residue-Residue Mutual Work Analysis of Retinal-Opsin Interaction in Rhodopsin: Implications for Protein-Ligand Binding, Journal of Chemical Theory and Computation, 16(3) (2020), https://doi.org/10.1021/acs.jctc.9b01035；
5. 论文：Li W, Energy Decomposition along Reaction Coordinate: Theory and Applications to Nonequilibrium Ensembles of Trajectories, The Journal of Physical Chemistry A, 126(42) (2022), https://doi.org/10.1021/acs.jpca.2c04130；
6. 论文：Junaid M, Zeeshan M, Li W, AttentionScore: A Target-Specific, Bias-Aware Scoring Function for Structure-Based Virtual Screening: A Case Study on METTL3, Journal of Chemical Information and Modeling, 66(1) (2025), https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c02142；
7. 论文：Wang X, Zhang H, Li W, DNA-binding Mechanisms of Human and Mouse cGAS: A Comparative MD and MM/GBSA Study, Physical Chemistry Chemical Physics, 22(45) (2020), https://doi.org/10.1039/D0CP04162A。

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