纪志梁

男， 厦门大学， 教授/研究员/教授级高工或同等级别

学习/工作经历

1996年获清华大学生物科学与技术系理学学士学位，
2001年获新加坡国立大学（National University of Singapore）微生物学理学硕士学位，
2004年获新加坡国立大学计算科学系理学博士学位。
2004年 厦门大学生命科学学院 副教授
2008年 厦门大学生命科学学院 教授

研究领域和兴趣

生物信息学，计算机/AI辅助药物设计，生物材料设计

主要业绩

现担任福建省生物信息学学会理事长，中国生物信息学学会（筹）人工智能与生命科学专委会副主委，中国化学会计算机化学专业委员会委员等。近年来，主要致力于生物医药大数据的分析和计算系统药物毒理学的理论基础和应用基础研究，主要包括：（1）挖掘医药大数据，构建药物临床表型知识图谱，开展系统药物毒理研究与应用。（2）开发复杂分子系统模拟与智能工具，辅助新型药物的智能设计。（3）揭示复杂疾病的生物学基础，发现新型靶点，开展肽类药物的理性设计。先后主持和参与国家自然科学基金重点项目、面上项目、国家重点研发计划项目、科技部“重大新药创制”科技重大专项等国家和省部级科研项目多项，开发十多个生物医药信息数据库和软件，并在国际主流学术期刊发表学术论文70多篇。

代表成果

1. Zhao MX#, Ding RF, Chen Q, Meng J, Li F, Fu S, Huang B, Liu Y, Ji ZL*, Zhao Y*. Nphos: Database and Predictor of Protein N-phosphorylation. Genomics Proteomics Bioinformatics. 2024 Sep 13;22(3):qzae032.
2. Yue QX#, Ding RF#, Chen WH, Wu LY, Liu K, Ji ZL*. Mining Real-World Big Data to Characterize Adverse Drug Reaction Quantitatively: Mixed Methods Study. Journal of Medical Internet Research 2024 May 3;26:e48572. doi: 10.2196/48572.
3. Tong M#, Liu Z#, Li J#, Wei X, Shi W, Liang C, Yu C, Huang R, Lin Y, Wang X, Wang S, Wang Y, Huang J, Wang Y, Li T*, Qin J*, Zhan D*, Ji ZL*. PhosMap: An ensemble bioinformatic platform to empower interactive analysis of quantitative phosphoproteomics. Computers in Biology and Medicine. 2024 Apr 2;174:108391. doi: 10.1016/j.compbiomed.2024.108391.
4. Shi H#, Li QY#, Li H, Wang HY, Fan CX, Dong QY, Pan BC*, Ji ZL*, Li JY*. ROS-induced oxidative stress is a major contributor to sperm cryoinjury. Human Reproduction. 2024 Feb 1; 39(2):310-325. doi: 10.1093/humrep/dead250.
5. Lin Z#, Qin Y#, Chen H#, Shi D#, Zhong M, An T, Chen L, Wang Y, Lin F*, Li G*, Ji ZL*. TransIntegrator: capture nearly full protein-coding transcript variants via integrating Illumina and PacBio transcriptomes. Briefings in Bioinformatics. 2023 Sep 22;24(6):bbad334. doi: 10.1093/bib/bbad334.
6. Chen X#, Li Y#, Huang Q, Lin X, Wang X, Wang Y, Liu Y, He Q, Liu Y, Wang T*, Ji ZL*, Li Q*. Segmental duplication as potential biomarkers for non-invasive prenatal testing of aneuploidies. EBioMedicine. 2021 Aug; 70:103535. doi: 10.1016/j.ebiom.2021.103535.
7. Liu K#, Ding RF#, Xu H, Qin YM, He QS, Du F, Zhang Y, Yao LX, You P, Xiang YP, Ji ZL*. Broad-Spectrum Profiling of Drug Safety via Learning Complex Network. Clinical Pharmacology & Therapeutics. 2020 Jun;107(6):1373-1382. doi: 10.1002/cpt.1750.
8. Huang LH, He QS, Liu K, Cheng J, Zhong MD, Chen LS, Yao LX, Ji ZL*. ADReCS-Target: target profiles for aiding drug safety research and application. Nucleic Acids Research. 2018 Jan; 46: D911-17.
9. Cai MC, Xu Q, Pan YJ, Pan W, Ji N, Li YB, Jin HJ, Liu K and Ji ZL*. ADReCS: an ontology database for aiding standardization and hierarchical classification of adverse drug reaction terms. Nucleic Acids Research.,2015 Jan 28;43:D907-13.
10. Pan JB, Ji N, Pan W, Hong R, Wang H, Ji ZL*. High-throughput Identification of Off-Targets for the Mechanistic Study of Severe Adverse Drug Reactions Induced by Analgesics. Toxicology & Applied Pharmacology. 2013 Oct 29; 274 (1): 24-34. doi: 10.1016/j.taap.2013.10.017.

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