徐志建

男， 中科院上海药物研究所， 教授/研究员/教授级高工或同等级别

学习/工作经历

2003.9 ~ 2007.7 山东大学 生物科学 理学学士
2007.9 ~ 2012.6中国科学院上海药物研究所 药物设计学 理学博士 导师：朱维良研究员
2012.7 ~ 2014.7 中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心 博士后 合作导师：陈凯先院士
2014.8 ~ 2015.9 中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心 助理研究员
2015.10 ~ 2021.9 中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心 副研究员
2017.11 ~ 至今 中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心 硕士生导师
2021.10 ~ 至今 中国科学院上海药物研究所药物发现与设计中心 研究员

研究领域和兴趣

药物设计、计算化学、计算生物学

主要业绩

徐志建，中国科学院上海药物研究所研究员，硕士生导师，J. Chem. Inf. Model.首届青年编委。主要从事分子模拟及药物设计方面的研究工作，专注于分子模拟与药物设计新方法的发展，以及这些方法在药物发现方面的应用研究。
共发表论文100余篇，其中3篇论文的引用超过200次。申请国家发明专利40多项，软件著作权4件。
（1）药物-靶标结合作用的理论研究。率先在药物设计中引入卤键，首次通过计算模拟阐明卤键作用与化合物成药性的关系，阐明了卤键作用的本质，帮助人们进一步理解IUPAC的卤键定义。在卤键方面的研究工作被得克萨斯大学Mahesh Narayan教授评价为教科书式的工作（Molecules 2017, 22 (9)）。发现晶体结构数据中的非键相互作用（卤键、氢键、离子键等）被低估。
（2）药物设计方法发展与软件开发。开发了可以处理卤键的分子对接软件D3DOCKxb，将此软件移植到国产超级计算机上，一天可虚拟筛完4200万个化合物。开发了可以分析口袋动力学性质的软件D3Pockets，可以分析口袋的稳定性、连续性与相关性。开发了基于公共空间的多模态药物-靶标关联预测技术MultiDTI，可以关联新化学实体和新靶标到已知的异构网络。开发了抗新冠肺炎药物靶标预测和虚拟筛选平台D3Targets-2019-nCoV。
（3）应用研究。针对肿瘤及传染性疾病等重要疾病靶标蛋白开展药物设计及结构优化研究，发现了一系列活性化合物。研究了新冠病毒刺突蛋白的动态构象变化，揭示了RBD结构域及全长蛋白与ACE2亲和力差异的分子机制。在原子水平上研究了新冠病毒刺突蛋白上的E484K突变引起免疫逃逸的分子机制，并预测了4个可能产生免疫逃逸的潜在新突变。

代表成果

（1） Kaijie Mu, Zhengdan Zhu, Amina Abula, Cheng Peng, Weiliang Zhu*, Zhijian Xu*, Halogen bonds exist between noncovalent ligands and natural nucleic acids. J. Med. Chem. 2022, 65 (6), 4424-4435.
（2） Leyun Wu1, Liping Zhou1, Mengxia Mo1, Tingting Liu1, Chengkun Wu1, Chunye Gong, Kai Lu, Likun Gong*, Weiliang Zhu*, Zhijian Xu*, SARS-CoV-2 Omicron RBD shows weaker binding affinity than the currently dominant Delta variant to human ACE2. Signal Transduction and Targeted Therapy 2022, 7 (1), 8.
（3） Leyun Wu1, Cheng Peng1, Yanqing Yang, Yulong Shi, Liping Zhou, Zhijian Xu*, Weiliang Zhu*, Exploring the immune evasion of SARS-CoV-2 variant harboring E484K by molecular dynamics simulations. Briefings in Bioinformatics 2022, 23 (1)
（4） Deshan Zhou, Zhijian Xu*, Wentao Li, Xiaolan Xie*, Shaoliang Peng*, MultiDTI: Drug-target interaction prediction based on multi-modal representation learning to bridge the gap between new chemical entities and known heterogeneous network. Bioinformatics 2021. 37 (23), 4485–4492.
（5） Xiaoyu Wang, Xinben Zhang, Cheng Peng, Yulong Shi, Huiyu Li, Zhijian Xu*, Weiliang Zhu*, D3DistalMutation: a Database to Explore the Effect of Distal Mutations on Enzyme Activity. J. Chem. Inf. Model. 2021, 61 (5), 2499-2508.
（6） Yichen Huang1, Kaijie Mu1, Xinyu Teng1, Yimeng Zhao, Yosuke Funato, Hiroaki Miki, Weiliang Zhu, Zhijian Xu*, Motoyuki Hattori*, Identification and mechanistic analysis of an inhibitor of the CorC Mg2+ transporter. iScience. 2021, 102370.
（7） Yanqing Yang1, Zhengdan Zhu1, Xiaoyu Wang1, Xinben Zhang1, Kaijie Mu, Yulong Shi, Cheng Peng, Zhijian Xu*, Weiliang Zhu*, Ligand-based approach for predicting drug targets and for virtual screening against COVID-19. Briefings in Bioinformatics 2021, 22 (2), 1053-1064.
（8） Cheng Peng1, Zhengdan Zhu1, Yulong Shi, Xiaoyu Wang, Kaijie Mu, Yanqing Yang, Xinben Zhang, Zhijian Xu*, Weiliang Zhu*, Computational Insights into the Conformational Accessibility and Binding Strength of SARS-CoV-2 Spike Protein to Human Angiotensin-Converting Enzyme 2. J. Phys. Chem. Lett. 2020, 11 (24), 10482-10488.
（9） Amina Abula, Zhijian Xu*, Zhengdan Zhu, Cheng Peng, Zhaoqiang Chen, Weiliang Zhu*, Haji Akber Aisa*, Substitution Effect of the Trifluoromethyl Group on the Bioactivity in Medicinal Chemistry: Statistical Analysis and Energy Calculations. J. Chem. Inf. Model. 2020, 60 (12), 6242-6250.
（10） Yulong Shi1, Xinben Zhang1, Kaijie Mu1, Cheng Peng1, Zhengdan Zhu, Xiaoyu Wang, Yanqing Yang, Zhijian Xu*, Weiliang Zhu*, D3Targets-2019-nCoV: a webserver for predicting drug targets and for multi-target and multi-site based virtual screening against COVID-19. Acta Pharm. Sin. B 2020, 10 (7), 1239-1248.

*以上信息由高级会员个人更新和维护。