徐峻

男， 中山大学药学院药物分子设计研究中心， 教授/研究员/教授级高工或同等级别

学习/工作经历

1983.09-1986.09 中国科学技术大学近代化学系 硕士研究生
1986.09-1990.04 中国科学技术大学近代化学系 博士研究生
1990.04-1991.10 澳大利亚国立大学(ANU)化学研究院(RSC)博士后
1991.10-1993.03 加拿大蒙特利尔麦基尔大学化学系博士后
1993.03-1994.03 美国TRIPOS分子设计公司资深科学家
1994.03-1998.03 BIO-RAD萨特勒波谱学研究所(Sadtler Laboratories) 研究开发部总监
1998.03-2002.02 德国Boehringer Ingelheim制药公司药物设计主管兼主管科学家
2002.02-2009.03 美国BioFocusDPI制药公司药物设计总监和 Fellow
2009.03-至今 中山大学教授，中山大学药物分子设计研究中心创始主任、英国皇家化学会会士(FRSC)

研究领域和兴趣

药物化学/药物设计/化学信息学/中药现代化/图论算法

主要业绩

研究领域横跨药学、化学和信息科学。长期在科研和教学第一线上从事药物发现实验研究和药物分子设计方法学原创理论和方法研究, 以第一或通讯作者在本领域国际主流学术杂志上发表文章120多篇。自上世纪80年代末发表图映射/子图匹配/超图匹配统一算法以来，几十年如一地坚持发展药物分子设计学原创理论和方法, 并运用这些理论和方法发现了抗甲流病毒的创新中药、抗EBV病毒天然产物先导化合物、抗骨质疏松first-in-class原创化学先导化合物(已转让，并进入临床前研究)、抗脑胶质瘤新靶标先导化合物(已转让)，重要科学成果如下：
• 90年代：分子图识别算法GMA(Jun Xu*, GMA: A Generic Match Algorithm for structural Homorphism, Isomorphism, Maximal Common Substructure Match and Its Applications, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36: 25-34), 文中包括4个新图论定理、8个新图论算法，成为国际主流关系式化学结构数据库(RS3, Accelrys公司产品)的检索引擎。
• 90年代：解析蛋白质多维多量子NMR谱的模糊图算法CPA(Jun Xu* and Bryan C. Sanctuary, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1993, 33(3): 490-500)，成为国际主要分子设计软件公司Tripos的蛋白质结构解析软件产品Capri
• 2000年代：巨量分子图簇分类算法SCA(Jun Xu*, JMC, 2002, 45, 5311-5320)
• 2000年代：化学结构划分算法，被称为SCA-plot(Jun Xu* and J. Stevenson, y, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2000, 40(3): 1177-1187.)
• 2010年代：基于药物分子三维结构叠合的相似度并行算法WEGA(Xin Yan, Jiabo Li*, Zhihong Liu, Minghao Zheng, Hu Ge, Jun Xu*, JCIM, 2013, 53(8):1967–1978)，获中国和美国专利
• 2019年：基于化学基元的药物分子设计学原创理论(Chao Zhao, ..., Qiong Gu*, Jun Xu*, JMC, 2019, 62(12), 5885-5900)，基于本理论发现的抗骨质疏松先导化合物已经转让深圳三启药业，进入临床前研究
• 2017年：药物分子化学基元从头生成算法DSGA(He Peng, ..., Jian Ren*,Jun Xu*, Scientific Reports, 2017, 77: 11121-11138)
• 2019年：基于句法模式识别的人工智能药物设计算法(Shuangjia Zheng, ... Jun Xu*, JCIM, 2019, 59, 2, 914-923)
• 2019年：基于拓扑图卷积和注意力机制的人工智能药物设计算法(Xiuming Li, ... Jun Xu*. JCIM, 2019, 59, 1044-1049)。
• 2020年：基于人工智能循环神经网络-自专注机制的药物分子合成反应可行性算法(Su, S., ... Jun Xu*, J. Chem. Inf. Model., Published Feb 3, 2020)
• 2020年：基于深度学习方法的药物-蛋白质相互作用预测算法(Shuangjia Zheng, ... Jun Xu* and Yuedong Yang*, Nature Intelligence, 2020, 2, 134-140)
• 2020年：基于深度学习方法的药物设计算法(Yuyao Yang, ... Jun Xu* and Hongming Chen*, Chemical Science, 2020. 11, 8312-8322)

代表成果

1. Yuyao Yang, Shuangjia Zheng, Shimin Su, Chao Zhao, Jun Xu* and Hongming Chen* SyntaLinker: Automatic Fragment Linking with Deep Conditional Transformer Neural Networks, Chemical Science, 2020. 11, 8312-8322.
2. Su, S., Yang, Y., Gan, H., Zheng, S., Gu, F., Zhao, Z.* and Jun Xu*, Predicting the Feasibility of Copper (I)-catalyzed Alkyne-Azide Cycloaddition Reactions Using Recurrent Neural Network with a Self-Attention Mechanism, J. Chem. Inf. Model., 2020, 60, 3, 1165-1174.
3. Shuangjia Zheng, Jiahua Rao, Zhongyue Zhang, Jun Xu*, and Yuedong Yang*, Predicting Retrosynthetic Reaction using Self-Corrected Transformer Neural Networks, J. Chem. Inf. Model., 2020, 60, 1, 47-55
4. Ding, Peng; Chen, Ziyang; Chen, Hao; Zhang, Zizhen; Liu, Zhihong; Yan, Xin; Zhou, Huihao; Gu, Qiong; Li, Chanjuan; Xu, Jun*, Structurally selective mechanism of liver X receptor ligand: in silico and in vitro studies, J Chem Inf Model. 2019 Jul 22;59(7):3277-3290
5. Chao Zhao, Dane Huang, Ruyue Li, Yida Xu, Shimin Su, Qiong Gu*, and Jun Xu*, Identifying novel anti-osteoporosis leads with a chemotype-assembly approach, J. Med. Chem., 2019, 62(12), 5885-5900
6. Shuangjia Zheng, Xin Yan*, Yuedong Yang and Jun Xu*. Identifying Structure-Property Relationships through SMILES Syntax Analysis with Self-Attention Mechanism. Journal of Chemical Information and Modeling, 2019, 59, 2, 914-923.
7. Xiuming Li, Xin Yan*, Qiong Gu, Huihao Zhou, Di Wu and Jun Xu*. DeepChemStable: Chemical Stability Prediction with Attention-based Graph Convolution Network, J. Chem. Inf. Model, 2019, 59, 1044-1049
8. Shuangjia Zheng, Xin Yan*, Qiong Gu, Yuedong Yang, Yunfei Du, Yutong Lu and Jun Xu*. QBMG: Quasi-Biogenic Molecule Generator with Deep Recurrent Neural Network, Journal of Cheminformatics, 2019 11:5, doi.org/10.1186/s13321-019-0328-9
9. Zhihong Liu, Jiewen Du, Xin Yan, Jiali Zhong, Lu Cui, Jinyuan Lin，Lizhu Zeng, Peng Ding, Pin Chen, Xinxin Zhou, Huihao Zhou, Qiong Gu*, and Jun Xu*, TCMAnalyzer: a Chemo- and Bioinformatics Web Service for Analyzing Traditional Chinese Medicine, 2018, J. Chem. Inf. Model., 2018, 58(3):550-555
10. Jiewen Du, Xin Yan, Zhihong Liu, Lu Cui, Peng Ding, Xiaoqing Tan, Xiuming Li, Huihao Zhou, Qiong Gu* and Jun Xu*. cBinderDB: a covalent binding agent database, Bioinformatics, 2016, 33(8): 1258-1260. DOI 10.1093/bioinformatics/btw801

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