王初

男， 北京大学化学与分子工程学院化学生物系， 教授/研究员/教授级高工或同等级别

学习/工作经历

1996.09—2001.08 中国科学技术大学生命科学学院 本科学生
2001.09—2007.06 美国西雅图华盛顿大学生物化学系 博士研究生
2007.07—2008.12 美国西雅图华盛顿大学生物化学系 博士后
2009.01—2013.11 美国斯特里普斯研究所化学生理系 博士后
2013.12—2020.01 北京大学化学与分子工程学院特聘研究员
2020.02—至今 北京大学化学与分子工程学院长聘教授

研究领域和兴趣

化学生物学，蛋白质组学，计算生物学

主要业绩

王初教授在博士和博士后期间分别师从美国科学院院士David Baker和Benjamin F. Cravatt教授进行Rosetta蛋白质结构建模和设计以及Activity-based Protein Profiling (ABPP)活性蛋白质组分析方面的工作。自2013年12月开始在北京大学开展独立研究工作以来，其课题组致力于“化学和计算驱动的功能蛋白质组学”方法的开发和应用，综合运用化学生物学，现代高精度蛋白质质谱技术，生物化学，生物信息学以及计算结构生物学等诸多知识和技术，大规模发掘蛋白质组中被内源生物小分子或外源化学药物分子特异修饰的功能位点和靶点，并深入研究这些修饰对蛋白质的结构、功能以及其所在的细胞内新陈代谢和信号传导通路的影响, 从蛋白分子水平上解释多种病理条件的形成和诱因，为相关的药物和治疗手段的研发提供先期的理论基础。代表性方向包括：1）发展蛋白质羰基化和糖基化等功能修饰的化学探针，建立组学平台实现对其修饰位点的系统鉴定和动态变化的定量分析；2）发展基于活性天然产物和共价药物的化学探针，建立组学方法系统鉴定它们在细胞内作用靶标，深入解析其活性的分子机制。3）发展计算化学生物学新方法，深度发掘和准确预测蛋白质组中的活性功能位点，实现活体内蛋白活性的精准调控。以通讯作者身份在Nature 、Nature Chemical Biology 、JACS 、Angew、PNAS 等杂志发表文章20余篇。先后获得国家青年千人计划、国家杰出青年科学基金等项目的支持；获得“国际化学生物学学会青年化学生物学家奖”，“药明康德生命化学研究学者奖”等。

代表成果

论文：
1. Wang, Q.; Liu, Z.; Wang, Y.; Liu, Y.; Chen, Y.; Zhang, S.; Zeng, W.; Li, D.; Yang, F.; He, Z.; Xiao, W.*; Liu, C.*; Wang, C.* Quantitative chemoproteomics reveals dopamine's protective modification of Tau. Nat. Chem. Biol. 2025, 21 (9), 1341-1350.
2. Wang, X.; Liu, Y.; Wang, Z.; Zeng, X.; Ngai, W. S. C.; Wang, J.; Zhang, H.; Xie, X.; Zhu, R.; Fan, X.; Wang, C.*; Chen, P. R.* Machine-learning-assisted universal protein activation in living mice. Cell 2025, 188 (14), 3696-3714 e3624.
3. Zhang, F.; Cheng, Y.; Xue, B.; Gao, Y.; Liu, Y.*; Wang, C*. MetalNet2: an enhanced server for predicting metal-binding sites in proteomes. Natl Sci Rev 2024, 11 (12), nwae391.
4. Zeng, X.; Wei, T.; Wang, X.; Liu, Y.; Tan, Z.; Zhang, Y.; Feng, T.; Cheng, Y.; Wang, F.; Ma, B.; Qin, W.; Gao, C.; Xiao, J.*; Wang, C.* Discovery of metal-binding proteins by thermal proteome profiling. Nat. Chem. Biol. 2024, 20 (6), 770-778.
5. Cheng, Y.; Wang, H.; Xu, H.; Liu, Y.; Ma, B.; Chen, X.; Zeng, X.; Wang, X.; Wang, B.; Shiau, C.; Ovchinnikov, S.; Su, X.-D.*; Wang, C.* Co-evolution-based prediction of metal-binding sites in proteomes by machine learning. Nat. Chem. Biol. 2023, 19 (5), 548-555.
6. Liu, D.; Xiao, W.; Li, H.; Zhang, Y.; Yuan, S.; Li, C.; Dong, S.; Wang, C. Discovery of Itaconate-Mediated Lysine Acylation. J. Am. Chem. Soc. 2023, 145 (23), 12673-12681.
7. Yang, F.; Jia, G.; Guo, J.; Liu, Y.; Wang, C.* Quantitative Chemoproteomic Profiling with Data-Independent Acquisition-Based Mass Spectrometry. J. Am. Chem. Soc. 2022, 144 (2), 901-911.
8. Qin, W.; Zhang, Y.; Tang, H.; Liu, D.; Chen, Y.; Liu, Y.; Wang, C.* Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J. Am. Chem. Soc. 2020, 142 (25), 10894-10898.
9. Qin, W.; Qin, K.; Zhang, Y.; Jia, W.; Chen, Y.; Cheng, B.; Peng, L.; Chen, N.; Liu, Y.; Zhou, W.; Wang, Y.-L.; Chen, X.*; Wang, C.* S-glycosylation-based cysteine profiling reveals regulation of glycolysis by itaconate. Nat. Chem. Biol. 2019, 15 (10), 983-991.
10. Wang, J.; Liu, Y.; Liu, Y.; Zheng, S.; Wang, X.; Zhao, J.; Yang, F.; Zhang, G.; Wang, C.*; Chen, P. R.* Time-resolved protein activation by proximal decaging in living systems. Nature 2019, 569 (7757), 509-513.

专利：
1.王初; 杨帆; 陈南 ; 基于DIA的定量化学蛋白质组学筛选靶标的方法；申请日期：2021.12.31；申请号：202111665395.3；授权日期： 2022-11-25； 授权地：中国；专利号： ZL202111665395.3.

著作：
1. 王初、贾桂芳、邹鹏；《化学生物学实验》，高教出版社，2025， 中国北京

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