邵强

男， 中国科学院上海药物研究所， 教授/研究员/教授级高工或同等级别

学习/工作经历

1995/08-1999/06 南京大学学士学位（化学工程）
1999/08-2003/06 南京大学研究生毕业（高分子化学）
2003/08-2004/05 College of William & Mary (Virginia, USA) 硕士学位（高分子化学）
2004/08-2009/12 Texas A&M University (Texas, USA) 博士学位 (化学)

2010/01-2011/10 北京大学化学与分子工程学院 博士后
2011/10-2020/10 中科院上海药物研究所 副研究员
2020/10-至今 中科院上海药物研究所 研究员

研究领域和兴趣

计算生物学、药物设计

主要业绩

本人致力于运用化学和计算等交叉学科方法，开发可以广泛使用的计算模拟方法，在蛋白质科学、药物设计等领域进行基础性和创新性研究。
1）针对药物靶标蛋白质的动态功能性构象变化、构象搜寻以及靶标蛋白-药物的结合自由能预测开发了一系列增强取样的分子模拟、量化计算方法以及优化的分子力场，来显著减少复杂体系的计算时间，提高计算精度，拓展计算模拟在生物领域的应用范畴。发展的方法包括分配型温度积分取样法(P-ITS)、正则模式分析-伞状取样分子模拟方法（NUMD）、高斯偏执加速动力学方法（GbAMD）以及蛋白质、小分子的可极化电荷力场参数QMPC，等等。
2）通过自主研发的方法，针对多个重大疾病相关的靶标蛋白体系，揭示其结构与功能，开展基于结构的药物发现与设计研究。研究体系包括新冠病毒3CLpro蛋白酶、EGFR蛋白、膜转运蛋白P-gp、B-RAF激酶、GPCR蛋白，等等。
在Nature Communications、PNAS、Journal of Chemical Theory and Computation等杂志上发表研究论文共70余篇。其中第一或通讯作者论文40余篇（发表于中科院二区及以上杂志的35篇）。目前主持自然科学面上项目1项，结题面上项目及青年基金各1项，此外作为技术骨干参与科技部“973计划”项目2项以及国家重点研发计划1项。应邀为多个SCI杂志审稿（JCTC、Bioinformatics、PCCP、Biochemistry、JPCB、JCP、Sci. Rep.、RSC Adv.、J. Mol. Liq.等），在多个大会报告上作邀请报告。

代表成果

1. Xinwei Wang1, Mu Wang1, Tuo Xu1, Ye Feng1, Qiang Shao1, Shuo Han, Xiaojing Chu, Yechun Xu, Shuling Lin*, Qiang Zhao*, Beili Wu*. Structural insights into dimerization and activation of the mGlu2–mGlu3 and mGlu2–mGlu4 heterodimers. Cell Research 2023, DOI: 10.1038/s41422-023-00830-2.
2. Qiang Shao*, Muya Xiong, Jiameng Li, Hangchen Hu, Haixia Sua, Yechun Xu*. Unraveling the catalytic mechanism of SARS-CoV-2 papain-like protease with allosteric modulation of C270 mutation using multiscale computational approaches. Chemical Science 2023, 14, 4681.
3. Hui Zhang1, Kun Chen1, Qiuxiang Tan1, Qiang Shao1, Shuo Han1, Chenhui Zhang, Cuiying Yi, Xiaojing Chu, Ya Zhu*, Yechun Xu*, Qiang Zhao*, Beili Wu*. Structural basis for chemokine recognition and receptor activation of chemokine receptor CCR5. Nature Communications 2021, 12: 4151.
4. Haixia Su1, Sheng Yao1, Wenfeng Zhao1, Yumin Zhang1, Jia Liu1, Qiang Shao1, Qingxing Wang, Minjun Li, Hang Xie, Weijuan Shang, Changqiang Ke, Lu Feng, Xiangrui Jiang, Jingshan Shen, Gengfu Xiao, Hualiang Jiang, Leike Zhang*, Yang Ye*, Yechun Xu*. Identification of pyrogallol as a warhead in design of covalent inhibitors for the SARS-CoV-2 3CL protease. Nature Communications 2021, 12: 3623.
5. Muya Xiong, Haixia Su, Wenfeng Zhao, Hang Xie, Qiang Shao*, Yechun Xu*. What coronavirus 3C-like protease tells us: From structure, substrate selectivity, to inhibitor design. Medicinal Research Reviews 2021, 41: 1965-1998.
6. Qiang Shao*, Jiye Shi*, Weiliang Zhu. Determining protein folding pathway and associated energetic through partitioned integrated-tempering-sampling simulation. J. Chem. Theory Comput. 2017, 13: 1229-1243.
7. Qiang Shao*, Weiliang Zhu. Effective conformational sampling in explicit solvent with Gaussian biased accelerated molecular dynamics. J. Chem. Theory Comput. 2017, 13: 4240-4252.
8. Qiang Shao*, Weiliang Zhu. How well can implicit solvent simulations explore folding pathways? A quantitative analysis of α-helix bundle proteins. J. Chem. Theory Comput. 2017, 13: 6177-6190.
9. Qiang Shao*. Enhanced conformational sampling technique provides an energy landscape view of large-scale protein conformational transitions. Phys. Chem. Chem. Phys. 2016, 18: 29170-29182.
10. Jinan Wang, Qiang Shao*, Benjamin Crossins, Jiye Shi*, Kaixian Chen, Weiliang Zhu*. Thermodynamics calculation of protein-ligand interactions by QM/MM polarizable charge parameters. J. Biomol. Struct. Dyn. 2016, 34: 163.
11. Jinan Wang, Qiang Shao*, Zhijian Xu, Yingtao Liu, Zhuo Yang, Benjamin Cossins, Hualiang Jiang, Kaixian Chen, Jiye Shi*, Weiliang Zhu*. Exploring transition pathway and free energy profile of large-scale protein conformational change by combining normal mode analysis and umbrella sampling molecular dynamics. J. Phys. Chem. B 2014, 118: 134-143.
12. Qiang Shao, Yi Qin Gao.* On the hand-over-hand mechanism of kinesin. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103: 8072-8077.

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