郑基深

男， 中国科学技术大学， 教授/研究员/教授级高工或同等级别

学习/工作经历

教育经历：
2002年-2006年，中国科学技术大学化学与材料科学学院，本科
2006年-2012年，中国科学技术大学化学系，博士

工作经历：
2012年-2014年，清华大学，化学系，博士后
2014年-2016年，中国科学院合肥物质科学研究院，强磁场科学中心，副研究员
2016年-2020年，中国科学技术大学，生命科学学院，研究员
2018年 至 今，中国科学技术大学，微尺度物质科学国家研究中心，研究员
2021年 至 今，中国科学技术大学，生命科学与医学部，教授
2021年 至 今，中国科学技术大学，附属第一医院，特聘专家

研究领域和兴趣

蛋白质生物正交反应及其生物医学应用

主要业绩

生物正交反应是蛋白功能化的核心工具，广泛应用于抗体偶联药物制备、定点修饰蛋白合成、蛋白互作组学工具开发以及免疫细胞工程化改造等领域。目前，生物正交反应主要包括基于活性基团的化学选择性反应和基于蛋白识别序列的酶促反应。然而，化学选择性反应存在反应类型单一、生物相容性欠佳及高浓度需求等问题；而酶促反应则因识别序列/手性的高度保守性、严苛的反应条件耐受性，以及底物/酶改造难度大等问题，严重制约了其应用潜力。为此，申请人提出了“邻近驱动”生物正交反应新策略。该策略突破传统范式，有机融合了酶法和化学法的优点，通过理性设计的多样化蛋白序列拓展反应可能性，借助序列互作产生的邻近效应保障反应正交性；同步引入差异化活性化学基团，显著提升反应灵活性与效率。基于这一概念，团队成功开发出由已知sortase酶、分裂内含肽等蛋白互作驱动的新型反应体系，同时挖掘新型序列互作驱动反应，实现磷酸化/泛素化G-蛋白偶联受体（GPCR）、镜像新冠病毒E蛋白、镜像PD-1 IgV、镜像转化生长因子-β（TGFβ）、镜像新冠病毒S蛋白受体结合域（RBD）、镜像塑料降解酶等功能蛋白分子的高效制备[1-4]；进一步基于该策略合成的多个目标蛋白，实现自然环境条件下聚对苯二甲酸乙二醇酯（PET）塑料的高效降解，发现特异性靶向多肽与抗体等[5]。邻近驱动的生物正交反应新策略为蛋白质的离体和在体功能化提供了新途径，在生物学与生物医学研究领域具有重要应用前景。

申请人迄今以通讯（含共同通讯）在高水平期刊发表论文43篇，包括3篇J Am Chem Soc，7篇Angew Chem Int Ed，1篇Sci Adv，1篇Chem，1篇Nat Protoc和1篇Acc Chem Res等。获授权发明专利5项。研究成果被Nat Rev Chem、Nat Chem Biol亮点点评，被F1000Prime推荐，相关方法被美国麻省理工学院、瑞士联邦理工学院等国际顶尖研究机构学者引用和应用。作为负责人承担了多项国家级科研项目，包括：安徽省杰青，国家优青、国家自然科学基金委面上项目（2项）、联合基金项目、重大研究计划培育项目以及科技部重点研发计划课题（2项）等。

代表成果

1. 论文：
1. Zhang, A.; Wang, L.; Zhai, X.; Xiao, Y.; Wu, Y.; Zhao, Y.; Liu, K.; Zheng, J. S.*; Chen, D.* Composite Mapping for Peptide-Based Data Storage with Higher Coding Density and Fewer Synthesis Cycles. Adv. Sci. 2025, e2503790.
2. Qi, Y.-K.; Zheng, J. S.*; Liu, L.* Mirror-image protein and peptide drug discovery through mirror-image phage display. Chem 2024, 10 (8), 2390-2407.
3. Huang, D.-L.; Guo, W.-C.; Shi, W.-W.; Gao, Y.-P.; Zhou, Y.-K.; Wang, L.-J.; Wang, C.; Tang, S.*; Liu, L.*; Zheng, J. S.* Enhanced Native Chemical Ligation by Peptide Conjugation in Trifluoroacetic Acid. Sci. Adv. 2024, 10, eado9413.
4. Zheng, Y.; Zhang, B.; Shi, W. W.; Deng, X.; Wang, T. Y.; Han, D.; Ren, Y.; Yang, Z.; Zhou, Y. K.; Kuang, J.; Wang, Z.W.; Tang, S.; Zheng, J. S.* An Enzyme-Cleavable Solubilizing-Tag Facilitates the Chemical Synthesis of Mirror-Image Proteins. Angew. Chem. Int. Ed. 2024, 63, e202318897.
5. Shi, W. W.; Wang, T. Y.; Yang, Z. Y.; Ren, Y. X.; Han, D. Y.; Zheng, Y. P.; Deng, X. Y.; Tang, S.; Zheng, J. S.* L-Glycosidase-Cleavable Natural Glycans Facilitate the Chemical Synthesis of Correctly Folded Disulfide-Bonded D-Proteins. Angew. Chem. Int. Ed. 2024, 63, e202313640.
6. Zhang, B.; Zheng, Y.; Chu, G.; Deng, X.; Wang, T.; Shi, W.; Zhou, Y.; Tang, S.; Zheng, J. S.*; Liu, L.*, Backbone‐Installed Split Intein‐Assisted Ligation for the Chemical Synthesis of Mirror‐Image Proteins. Angew. Chem. Int. Ed. 2023, 62 (33), e202306270.
7. Shi, W. W.; Shi, C.; Wang, T. Y.; Li, Y. L.; Zhou, Y. K.; Zhang, X. H.; Bierer, D.; Zheng, J. S.*; Liu, L.* Total Chemical Synthesis of Correctly Folded Disulfide-Rich Proteins Using a Removable O-Linked beta-N-Acetylglucosamine Strategy. J. Am. Chem. Soc. 2022, 144 (1), 349-357.
8. Li, Y.; Heng, J.; Sun, D.; Zhang, B.; Zhang, X.; Zheng, Y.; Shi, W. W.; Wang, T. Y.; Li, J. Y.; Sun, X.; Liu, X.; Zheng, J. S.*; Kobilka, B. K.; Liu, L.* Chemical Synthesis of a Full-Length G-Protein-Coupled Receptor beta2-Adrenergic Receptor with Defined Modification Patterns at the C-Terminus. J. Am. Chem. Soc. 2021, 143 (42), 17566-17576.
9. Huang, D.-L.; Li, Y.; Liang, J.; Yu, L.; Xue, M.; Cao, X.-X.; Xiao, B.; Tian, C.-L.; Liu, L.; Zheng, J. S.* The New Salcylaldehyde S,S-Propanedithioacetal Ester Enables N-to-C Sequential Native Chemical Ligation and Ser/Thr Ligation for Chemical Protein Synthesis. J. Am. Chem. Soc. 2020, 142 (19), 8790-8799.
10. Huang, D. L.; Montigny, C.; Zheng, Y.; Beswick, V.; Li, Y.; Cao, X. X.; Barbot, T.; Jaxel, C.; Liang, J.; Tian, C. L.; Jamin, N.; Zheng, J. S.* Chemical Synthesis of Native S-palmitoylated Membrane Proteins through Reversible Backbone Modification Assisted Ser/Thr Ligation. Angew. Chem. Int. Ed. 2020, 59 (13), 5178-5184.

2. 专利：
1. 刘磊；郑基深；左超；唐姗；田长麟；化合物及其制备方法和应用，专利号：ZL 2016 1 0083843.1，专利申请日：2016年02月06日；专利权人：清华大学；地址：100084 北京市海淀100084-82 信箱；授权公告日：2018年08月03日；授权公告号：CN 105622424 B。
2. 郑基深；唐姗；司岩岩；刘磊；田长麟；一种化合物及其制备方法及利用其制备多肽的方法，专利号：ZL 2015 1 0033192.0，专利申请日：2015年01月22日；专利权人：中国科学院合肥物质科学研究院；授权公告日：2016年08月24日；授权公告号：CN 104744327 B。
3. 刘磊；郑基深；胡宏岗；田长麟；梁军；石威巍；李影；镜像蛋白信息存储与编码技术，专利号：ZL 2020 1 1345667.7，专利申请日：2020年11月25日；专利权人：清华大学；授权公告日：2021年11月12日；授权公告号：CN 112489721 B。
4. 郑基深；薛敏；李影；周永康；可脱除骨架修饰快速脱除的新方法及应用，专利号：ZL 2021 1 0516503.4，专利申请日：2021/05/12，专利权人：中国科学技术大学；申请号：202110516503.4。授权公告日：2023年06月16日；授权公告号：CN 113264979B。
5. 刘磊；郑基深；石威巍；制备活性铁调节激素的方法，专利号：ZL 2021 1 1108846.3，专利申请日：2021/09/22，专利权人：清华大学；申请号：202111108846.3。授权公告日：2023年07月25日；授权公告号：CN 113817043 B。
6. 郑基深; 孙鹏飞; 周永康；一种塑料降解酶及其镜像对映体、化学合成方法，申请号：CN202310580017；申请日：2023.05.18；公开（公告）日：2023.08.08。
7. 郑基深; 黄栋梁; 唐姗；一种多肽片段连接方法和多肽蛋白质的合成方法，申请号：CN202410465402.2；申请日：2024.04.17；公开（公告）日：2024.08.09。

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