作者班级:2023级临床医学(本博连读,齐鲁医学堂)

作者姓名:孙浩宸

指导老师姓名:郭今心

摘要:三羧酸循环是生物体内糖类物质有氧代谢的途径之一。本文将运用比拟的手法简述了三羧酸循环的过程。

关键词:生物化学;糖代谢;三羧酸循环;有氧氧化;丙酮酸

丙酮酸镇上没有定居的人。

他们多在儿时随父母搬来,长大后再去往别处[1]。

张家人十年前从葡萄村搬到了这里。张家养有一个闺女,发似垂落黑绸缎,眉如天边皓月弓,面颊同苹果般红润,故取名阿果。阿果十五初长成,正是离家学艺好年纪。该去哪呢?

“去乳酸镇吧,你哥哥在那开的有厂子。”

“问问林业局,乙醇乡还招不招工。听说有编制,现在人家嫁人都看编制!”

阿果走开了。

她登上城郊的一座丘,在山头上坐了一夜。山脚下,湖泊平静而惬意;山腰上,大树繁茂而扎实,但于她而言,总觉得少了些什么。眼前的风景仿佛定帧的画,她的目光慢慢呆滞,心灵渐渐睡去了。

突然,她怎么也睡不着了。地平线上的新日散射着耀眼的红,光撕裂晨雾,照亮了山路上徐徐走来的年轻人。那是阿水,她在丙酮酸中学最好的朋友,二人因为共同的人生理想走在一起。

“我加入了一个探险者组织,你要不要一起去呀?”

这一刻,阿果心中早已畅想无数遍的未来变得具象化。她揉了揉眼,飞扑过去。

阿水带她来到探险者基地,这里全是有相同梦想的年轻人。他们的目标只有一个:环游地球!

“明天就出发?”

“明天就出发!”

阿果和阿水碰了拳,约定明天在城郊南码头相见。

第二天一早,城郊南码头围满了人。送行的人把码头填了个水泄不通,阿果与家人道别后,也匆匆上了船。她拉上冲锋衣,扣下太阳镜,与同行者迎着朝阳出发。他们的编队有个共同的名字:乙酰CoA探险队。从此,她也有了一个新的代号:乙酰CoA探险队员-阿果。

第一站 柠檬酸小镇

本次探险共有六人,四位老队员和阿果、阿水两位新人。探险队实行“老带新”的制度,新队员由刚从草酰乙酸城回来的老队员带领,在柠檬酸合酶的指引下抵达柠檬酸小镇[1](图1)。如若擅自行动,则易误入甲烷的海域,受到海盗的劫持[2]。

在前往柠檬酸小镇的过程中,由于羰基的吸电子效应,乙酰CoA的甲基碳脱去氢离子,形成碳负离子。碳负离子破坏草酰乙酸的羰基双键,脱下的氢又被加到草酰乙酸的羰基氧上,如此发生克莱森缩合反应。然而这个过程离不开柠檬酸合酶的帮助,它水解了乙酰CoA的硫酯键,释放了大量能量,使得反应正向进行[2]。

图1乙酰CoA与草酰乙酸缩合生成柠檬酸(图片源于网络)[2]。

第二站 异柠檬酸镇

探险家们已经到达柠檬酸小镇了,现在可以开始氧化脱羧去往异柠檬酸镇了。应该脱哪个呢?此刻,阿果想起出发前的叮嘱,“我们的终极任务是完成环球航行,实现完全氧化……”她意识到,如果脱去两头的羧基则会产生难以氧化的甲基,因此她推断,一定是脱去中间的羧基!

“万事俱备,只欠脱羧!”

然而,阿果发现了异常:“我们被卡在异构海峡了,脱羧反应无法进行!”经过长时间的分析,她发现是羟基供电子效应的存在影响了羧基的脱去[2]。于是,她们决定绕行顺乌头酸海角。绕行顺乌头酸海角的路线采用先脱水后加水的方式进行,在乌头酸酶的帮助下先抵达顺乌头酸海角,稍作休整后,前往异柠檬酸镇[1](图2)。

图2柠檬酸脱水生成顺乌头酸又加水生成异柠檬酸(图片源于网络)[2]。

第三站 α-酮戊二酸市

从异柠檬酸镇前往α-酮戊二酸市的路需要NAD+的辅助。

羟基在异柠檬酸脱氢酶的帮助下先被氧化为羰基,羰基通过吸电子效应促进脱羧生成草酰琥珀酸,脱下来的氢原子由NAD+结合,生成NADH。草酰琥珀酸三角是极其凶险的海域,稍不小心可能全员丧命于此。幸好他们得到了锰离子的援助,与锰离子形成稳定的烯醇式中间体后脱去中间的羧基[2],到达第三站,α-酮戊二酸市[1](图3)。

图3异柠檬酸脱水生成草酰琥珀酸,之后脱羧形成α-酮戊二酸(图片源于网络)[2]。

第四站 琥珀酰CoA岛

她们的下一个任务是脱去第二个羧基。同样的问题再次摆在她们面前:脱去哪个呢?

“这题我会,公式秒了,脱下面的!”阿果已经熟练得可以抢答了。果然,不出所料,这一段由α-酮戊二酸复合体帮助、NAD+协助的旅程,正是α-酮戊二酸的脱羧酰化反应。α-酮戊二酸脱去一个羧基,并与CoA-SH结合酰化,同时NAD+生成NADH,释放二氧化碳[1](图4)。

在经过草酰琥珀酸三角和前往琥珀酰CoA岛的两次脱羧过程中,还是有两位老队员牺牲了。老队员说,每一次脱羧都意味着一次蜕变,但蜕变也伴随着牺牲,“只有老一辈的退下,新一代才能进来”。曾经草酰乙酸两端的两个碳均被完全氧化,而乙酰CoA连到了草酰乙酸的碳链上形成了新的四碳化合物[1]。

图4α-酮戊二酸生成琥珀酰CoA(图片源于网络)[2]。

第五站 琥珀酸镇

想要到达草酰乙酸城,先要在琥珀酰CoA合成酶的帮助下水解CoA基团。正如前往柠檬酸小镇时所学,水解释放大量能量,发生底物水平磷酸化。使同行的GDP变成GTP,自身变成琥珀酸[1](图5)。

图5琥珀酰CoA生成琥珀酸(图片源于网络)[2]。

第六站 延胡索酸岛

从琥珀酸镇抵达草酰乙酸城,只差一个羰基的距离。他们决定通过延胡索酸岛过渡一下,完成这段旅程。

她们请到琥珀酸脱氢酶来帮忙,FAD来辅助,从琥珀酸上脱下两个氢,与FAD结合生成FADH2。而他们自身变成延胡索酸,抵达旅程第六站[1](图6)。

图6琥珀酸生成延胡索酸(图片源于网络)[2]。

第七站 L-苹果酸乡

向草酰乙酸城前进的下一站则是L-苹果酸乡站。她们在延胡索酸岛上向寻求延胡索酸酶作为航行的信标。

然而,“停!你们是什么人!”延胡索酸岛的海关人员站在码头,要求查验每位探险家的护照。

是边检?还是内鬼?

“怎么办……我们是不是回不去了?”

“我们不会要被扣留在这吧……”

其他探险家小声议论着,声音颤抖,面色煞白。

“别怕,让我去谈个究竟。”阿果径直向海关人员走去。

见阿果走来,海关人员严肃地问道,“你们入境的是顺式延胡索酸岛,还是反式延胡索酸岛?”

阿果松了口气,斩钉截铁地答道:“反式的。”这道题她早有准备。

“那就好!法律规定,我们只能帮助反式延胡索酸岛的入境人员前往L-苹果酸乡[2]。”

阿果终于放下心来,表达了感谢,然后带领其他探险队员上了船。

他们在延胡索酸酶的帮助下与水结合并脱去一个氢离子,生成碳负离子,又与脱下的氢离子作用[2],生成了L-苹果酸[1](图7)。

图7延胡索酸生成L-苹果酸(图片源于网络)[2]。

第八站 草酰乙酸城

“旅途只剩最后一站了!”阿果鼓励大家,“马上我们就要到达草酰乙酸城了!”

最后一段旅程由L-苹果酸脱氢酶来指引,NAD+协助完成。L-苹果酸上的羟基被氧化生成羰基,脱下来的氢由NAD+来承接生成NADH[1](图8)。

图8L-苹果酸生成草酰乙酸(图片源于网络)[2]。

至此,环球旅行结束了。曾经的小探险家已然成为经验丰富的老探险队员。四位幸存者总结了整个行程,共经历了两次脱羧,四次脱氢,一次底物水平磷酸化[1]。她们把这段经历整理成了一张图表,展示给世人(图9)。

图9三羧酸循环的全流程(图片源于网络)[3]。

“我们的任务完成了,终于可以回家啦!”阿水欢呼道,船舱里充满了快活的空气。

“我们……可能回不去了。”

“啊?”阿水惊愕地看向阿果。

她想起来在前往柠檬酸站的时候,老探险家对她说了什么。那时的她不明白什么意思,然而今日蜕变成老探险家,她真正理解了那些话的含义。第一步克莱森缩合反应中,由于水解了硫酯键,大量能量被释放,这导致反应不可逆。也就是说,一旦生成了柠檬酸,就再也变不回乙酰-CoA了[2]。

海上卷起的狂风,扒开船舱门,奋力拍打着墙上的挂历。日子一天天过去,八站的路程他们走了八年。阿果和家人的照片压在透明桌布下,桌布被打湿了,不知是卷起的浪,还是流下的泪。船舱内变得死寂,死寂。她们瘫坐在甲板上,望着无边的海与汹涌的浪,思索,“那边会不会是自己的家呢?”

“别灰心,想想我们这一路,也很伟大的,不是么?”阿果仰起头,望着灰蒙蒙的天空。笑着,强笑着,泪水与雨水混杂着。“我们脱羧生成的二氧化碳,可以用于植物的光合作用,为生态系统固定太阳能[4];脱氢生成的NADH和FADH2,可以用于有氧呼吸第三阶段,为生命活动提供大量能量[5];而底物水平磷酸化生成的GTP可以与ADP反应生成ATP,供给细胞能量[1]。

“所以,我们也不枉环球航行这一趟,不是么?与其‘哀吾生之须臾,羡长江之无穷’,不如‘挟飞仙以遨游,抱明月而长终’。”

月亮安静了,靠在船舱上。海上的波涛依然汹涌,她们却枕着波涛,睡了,睡了。

阿果梦见自己回到了那天晚上,一个人平静地坐在山头,望着山下的星星点点,仿佛是拯救世界的英雄;如今的她依然平静,村里的人像海的方向眺望,渴望哪颗粼粼光点能是她们的船——人们都称她是英雄。阿果没有结婚,但是人们说她“嫁给了日出”。

忽然,阿果被一群孩子声惊醒了。“我们去哪呀?”孩子们问。

这是新的一批探险家,准备新的环球航行。

“去柠檬酸站。”阿果摸摸她们的头,仿佛看到那年稚嫩的自己。

“我们去哪呀?”其他老探险家们问阿果。

“看看航线图,我们的终点只有一个——二氧化碳。”

踏上新的征程,阿果摇身一变,散在风中。

她永远嫁给了日出。

参考文献:

查锡良.生物化学与分子生物学.第9版.北京:人民卫生出版社, 2018: 98-101.

糖代谢(五):三羧酸循环. [2018-08-16].

https://zhuanlan.zhihu.com/p/42115109

生化图解1:三羧酸循环图解,可交作业. [2023-01-04].

https://www.bilibili.com/read/cv20973291

朱正威,赵占良.普通高中教科书 生物学 必修1分子与生物.第1版.北京:人民教育出版社, 2019: 104.

GHIFARI A S; SAHA S; MURCHA M W. The biogenesis and regulation of the plant oxidative phosphorylation system[J]. Plant Physiology, 2023, 192(2): 728.